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ノート2

未完成だけどこんなこと思ってました。





春は終わりと始まりの季節。
卒業シーズンを過ぎた今だが、ことアメリカのPh.D.課程では決まった卒業日がないので、一年のどの日に博士論文発表を終えて卒業しても構わない。


それでもこの自粛生活の中、オンラインで博士発表を終えて晴れて学位を手にしている一年上の先輩方を見ると、なんだかしんみりする一方で、「え、俺絶対に一年後こんな状況にはなってないんだけど?」という焦りが生じる。
さて、今日紹介する論文は卒業生ではないものの、うちの免疫プログラムの一個上の学年の先輩が出した論文だ。彼ももうすぐ卒業するのだろう。他人と比較するなって言われてもね、無理よね。つらみざわ。


君は君だと思うけど、落ち込み癖強めかもね。たまに落ち込むと良い事もあるだろううけど、しっかりして!:)


A Two-Cell Model for IL-1ß Release Mediated by Death-Receptor Signaling (Donado et al.)
カルロスは南米のどっかの国の出身で、シュッとした抜け目のない男だ。慣れないと、少し怖い印象もある。
なまりのない綺麗な英語とスペイン語かなんかを話すバイリンガルで、知識量も豊富、運動も欠かさないし、身につけている洋服も高価。なんでも実家が大金持ちらしい。
その無限な知識と頭の回転の良さに裏打ちされた自信は彼の姿勢をまっすぐなものとし、その魅力的な姿で数々の女性を魅了する。


カルロス 凄いな。


最近そういえば人物が登場してるな。何故かな。
私の尊敬する人紹介すれば良い?


ここまでなぜか筆頭著者のカルロスの説明になってしまったが、そんなカルロスの論文は、
「デスレセプター経路を介した(やりとりする)二細胞によるIL-1ß(なんか良いこと)放出モデル」という題で、具体的に二細胞とはiNKT細胞(自由に発言する特徴)と樹状細胞 (あるいはマクロファージ(君)でも可)のことである。 


ILー1βは なんか良い事って意味な気がするけど、前は炎症性サイトカインだったからネガティブなイメージ。IL-1βと言うものは良い種類と悪い種類がいるのか。良い細胞vs悪い細胞みたいに。最後のとこだと細胞死的なこととするとmakes sense.?


iNKTとはインバリアント (i for invariant)NKT細胞で、すなわちいわゆるαßT細胞のように抗原提示細胞のMHC+ペプチドに合わせた形が違うことのない普遍(すべてのものに行き渡る)なTCRを持つ自然免疫系のT細胞とでも思えばいい。認識するのはMHCに乗ったペプチドではなく、CD1dという分子に乗った脂質抗原だ。細菌由来の脂質の場合もあれば、内因(その物の中の問題)性の脂質の場合だってある。


一つ前の記事ではDNA傷害に応答するとしAIM2インフラマソームが登場したが、例えばNLRP3(私が怒る刺激)インフラマソームは細菌感染応答として働くことが多い。ただ細菌というのは、感染先の細胞の免疫システムを巧妙にくぐり抜ける術を持っていることも少なくなく、例えばこのNLRP3インフラマソームを阻害して細胞死や炎症性サイトカインIL-1ßの放出を防いだりする。
カルロスの疑問は、端的に言えば「細菌に阻害されたらもうそれで試合終了なのか?」ということ。


そして端的に言えば、答えはNOなのである。


疑われたらもう終わりなのか? 答えはno


どういうことかというと、例えば確かにマクロファージ(君)や樹状細胞を用いた培養実験では、細菌感染に応答したインフラマソーム(私)は適切にIL-1ß(良い情報/悪いもの)を放出できない。先述の通り、経路が細菌の持つタンパク質によって阻害されているからだ。
ただ、実際の生体内は培養皿とは異なる。すなわち、これらの細胞の周りには、別の細胞種がいて、そいつらとの接触や相互作用によってどうにかIL-1ßが放出される機構(メカニズム)があってもいいんじゃないか、とカルロスは考えたわけだ。


実験中は最近感染している私は適切に情報(IL-1ß)を出せない。前に言ったように、細菌に邪魔されてるから。だけど、実際の生体内(今)は培養皿(前の実験中)とは違う。


ここで目をつけたのが、過去にもこれらの細胞との相互作用が報告されていてiNKT細胞(自由に発言する特徴)というわけだ。
手始めにTLRを刺激した (プライミングした)樹状細胞(君)とiNKT細胞(自由に発言する特徴の私)を共培養するだけで、インフラマソームの刺激剤を加えた場合に匹敵(釣り合うような)する量のIL-1ß(情報交換?)を放出した。(なお詳細は省くが、プライミングとはざっくりいうと主にNF-κBのターゲット遺伝子発現を高めることで、インフラマソームの材料を細胞内に用意しておくことをいう。例えばIL-1ßの前駆体やNLRP3そのものが発現誘導される。インフラマソーム(私)の活性化に伴い、IL-1ß(情報)は切断され、細胞の外へと放出されるわけだ。)
ちなみにこの現象は、単に樹状細胞(君)をiNKT細胞((自由に発言する特徴の私)の培養上清(なんかの液)を加えても起こらない。すなわちこれらの細胞が実際に接触して初めてこの現象が起こることがわかる。(会ってみないとわからない)
そしてImmGenというデータベースでiNKT細胞表面に特異的な分子を探し、FasLに注目した。主にデスレセプターを介したアポトーシスの誘導を引き起こすことで有名な分子だ。


実際、FasLを抗体でブロックしたりノックアウトしたりすると、このIL-1ßの放出は全く見られなくなることから、iNKT細胞(自由に発言する特徴の私)のFasLが重要であることが明らかとなった。またiNKT細胞非存在下(静かにしてる私)でも、単にリコンビナントのFasLを添加して同様にプライミング後の樹状細胞(君)からIL-1ß(情報)の放出が見られた。


ということで、以後はその分子機構についての解析であるが、ざっくりいうとFasシグナルにおいて中核を担うCaspase-8がCaspase-1を切断し、NLRP3(私が怒る刺激)を介さずにインフラマソーム(私)の下流の部分、すなわちGasdermin-DやIL-1ß(情報)の切断を引き起こす、という結果を導いた。このCaspase-8がCaspase-1を「直接」切断している、という考察はどちらかというと過去の知見に基づいてなされているように感じるが、少なくともCaspase-8を欠損した細胞ではCaspase-1の切断や下流のイベントは見られない。


ここまでから、NLRP3(私が怒る刺激)が阻害された場合でも、プライミングされている樹状細胞(君)はiNKT細胞(自由に発言する特徴の私)の力を借りてIL-1ßを放出できることがわかった。先にも触れた通りGasdermin-Dも切断されており、実際にGasdermin-Dを欠損した細胞では細胞死やIL-1ßは抑制される。
一方、Fasを介した細胞死として知られているのはアポトーシス(自殺)だ。
ということで、カルロスはFasLを刺激したプライミング樹状細胞はどのような細胞運命を辿るのか、その「死に様」をライブイメージングで捉えることにした。
結果だけいうと、細胞はFasによってアポトーシスをするとフェイントをかけて急に破裂的な死(=ネクローシス)を引き起こす、というものだ。核内のDNAが凝集および断片化するアポトーシスに特徴的な現象と、細胞膜が風船のように膨らんで破裂するネクローシスやピロトーシス様の現象の複合体として、断片化したDNAが核膜破裂とともに細胞質内に飛び出してその後細胞の破裂とともに細胞外に出ていく場面を捉えている。(記憶が曖昧だけどそんな感じ)


最後の細胞死のあたりはぶっちゃけ複雑だし、個人的に大切なのは死に方の定義というよりも、最終的に細胞が破裂するかやIL-1ßが放出されるかだと思うので細かいことは気にしない。
が、iNKT細胞(自由に発言する特徴)を加えた場合のフェノタイプやノックアウトでの切れ味が美しいので流石だなと感じた論文でした。


とりあえずはっきり怒ることは良いことだ。


僕は一体いつになったら(略)
いつになったら。。。信じてもらえるのか? 怒ってもらえるのか。。かな。。

ノート1

なんか、実験失敗させっちゃったみたいで自分悔しくて怒っちゃったごめん。
今更だけど、とりあえず載せようと思ってた 私のノート載せとくね。


cGAS-STING経路というDNA(君)に応答(呼びかけに答える)する自然免疫経路がある。
これは外来のウイルスや細菌由来の二本鎖DNAと結合したcGASという酵素が、細胞内のAMPとGMPからcGAMP(情報)という環状(輪のような形)のセカンドメッセンジャーを作ることで、STING以降のシグナルを活性化してI型IFN(良い関係)の産生を誘導するという経路である。


cGAS-STING経路 ー 質問されたら答える経路
これは 外からの
I型IFNー良い関係
に繋がる。


cGAS(君)がcGAMP(情報・質問かな?)を作らなくても、例えば環状(輪の形)のジヌクレオチドが細菌から放出(発言すれば)されれば、STING(経路)は活性化して下流(たまに出てくるやつ。なんで下なの?とりあえずその結果ということにする)のI型IFN(良い関係)を産生誘導できる。というか、歴史上こちらの方が先に発見されている。


君から聞かれなくても、私から発言?/質問?すれば良いサイクルになる。


何が言いたいかというと、由来がなんであれ細胞内にcGAMP(信頼?情報??)が入ってさえしまえばSTING(良い関係)およびその下流は活性化されるわけである。実際に、病原体に感染していない細胞でも隣接(隣り合わせの)する細胞からcGAMPをもらい、I型IFN(良い関係)を誘導ことがわかっている。ギャップジャンクション(ブログ)を介した(通した)ものであったり、SLC19A1(ツイッター)というトランスポーターを介した取り込みであったり、はたまたウイルス粒子の中に組み込んでウイルスが運んでくれるというパターンもある。(察する)


そこに新しいパターンを付け加えてくれたのが、4月10日付でImmunityに掲載された以下の論文である。
Transfer of cGAMP into Bystander Cells via LRRC8 Volume-Regulated Anion Channels Augments STING-Mediated Interferon Response and Anti-viral Immunity (Zhou et al.)
中国科学院から発表された論文のタイトルは「電位依存性陰イオンチャネルLRRC8(ツイッターとかブログ)を介した(通した)cGAMP(情報)の受け渡しがSTINGを介したIFN(良い関係)応答および(かつ(同時に))抗ウイルス免疫を増強させる(なんか強くなる」となんとも長いが、個人的には短くインパクトのあるタイトルよりもこういう特異的(酵素や抗体が特定の基質や抗原に対して特異性をもっているさま。⇔ 非特異的 「 -免疫療法」、個性的って思っとく) な方が好きだ。短いタイトルは往々(ときどき)にして大袈裟(大げさ)で拡大解釈なケースが多い。


(もっと情報を渡すと強くなれる。君は個性的なのが好き。でも極端に解釈しちゃダメだよ。)


というわけでこのタイトルが全ての結論であると言ってしまえばそれまでなのであるが、筆者らが行った実験としては、まず陰イオンチャネルの抗ウイルス自然免疫における役割を調べるために、陰イオンチャネル阻害剤を片っ端からMEF(マウス胚(embryo)繊維(せんい)芽細胞)に添加した際のHSV-1に対する応答を見てみた。HSV-1はDNAウイルスで、ここでの指標(物事の検討をつけるための目標)はウイルスの伝播(次々に伝わっていく事)および(。。も。。。も)ネクローシス(死)。😱
得られた二つの阻害剤はどちらもLRRC8(ツイッターとかブログ)という塩素イオンチャネルを標的(攻撃の的)としたもので、実際にsiRNAやCRISPR-Cas9系でLRRC8の必須(なくてはならない)のサブユニットLRRC8A(ツイッター?)の発現を抑制(抑える)すると、阻害剤と同じような結果が得られた。

(阻害剤の結果って何?コミュニケーションが上がる事かな。下がる事かな。信頼度が上がる事かな。)


RNAウイルスであるVSVの応答が影響を受けなかったことから、DNA応答に関わっていることが示唆(suggest) されたが、どうも二本鎖DNAを細胞内に導入してcGASを刺激した場合や、直接cGAMPを細胞内に導入した場合のシグナルの活性化はLRRC8Aの欠損でも影響を受けない。つまり、細胞内のcGAMP(情報)濃度に差があるのではということになるが、実際に細胞培地にcGAMP(情報)を添加(足す)した際(物のふち)の細胞内へ(細胞に)の取り込みや、それに伴う(一緒に行く)I型IFNの誘導(ある状態に誘い出すこと)はLRRC8A(ツイッター)の欠損で半分ほどに低下した。この結果はMEFのみならず、初代培養細胞(育てる) や株化細胞(株する細胞。。。。?取引かな。。細胞と取引き。。) を用いた実験から、例えばマクロファージ(君)にも共通することが確認されている。
(結論: 情報が無いと君は困る。からもっと私が発言するべきという事。多分。) → なんの情報が知りたいの? なんでも良いのかな。でも付録はダメなのよね?)


ちなみにLRRC8(ツイッターとブログ)はヘテロ多量体を形成しており、そのサブユニットの構成から取り込むものが異なるそうだ。(私が何か書いても、読まれる物とスルーされる物がある。) 例えばLRRC8Dが要素となっていれば、塩素イオンの他にタウリンやグルタミン酸、神経伝達物質などを取り込むことがわかっているし、LRRC8Eが要素に入っていれば、化学物質の取り込みは負の電荷を持つグルタミン酸やアスパラギン酸に限定される (らしい)。 (DとEは なんだろう? とりあえず必要ないやつはスルーすると言う事かな?無視された情報みたいのはもう聞きたくないか、そう言うの嫌いなのか都合が悪いのかとか思ってたんだけど。。)
ということで、塩素イオンの他にも化学物質を取り込めるというLRRC8(ブログ ツイッター)の性質は、cGAMP(情報)がこのチャネルを通じて取り込まれているという仮説に沿っているのだが、筆者らは、どのサブユニットが大事なのかをそれぞれのノックアウト細胞で調べてみた。結果としては、先ほどのLRRC8A(ツイッター あれ。。?)以外に、LRRC8E (E何?)を欠損した細胞でcGAMPの取り込みやIFNß(良い関係)の産生が抑えられていることがわかった。一方で、LRRC8B/C/Dの欠損細胞は影響を受けなかった。


(😱 Can you define A,B,C,D,E? なんか、返事の速さとかは自分の忙しさだとか 追いつけてない とか 理解できてないとかからだと思うよ。 こないだは ずーっと詰めて考えてて寝不足だったから、なんか問題解決したっぽいって思ったら ふう☺️って気が抜けて 疲れていっぱい寝ちゃったの。とか。。)


あとはぶっちゃけ似たような内容で、例えばシスプラチンといった薬剤や低浸透圧条件でLRRC8を活性化させたら培地(私)からのcGAMP(情報)の取り込みとIFNß応答が増強されました、とか、トランスウェの系でウイルス感染細胞由来のcGAMPがLRRC8依存的に近隣の細胞に取り込まれました、HeLa細胞のパッチクランプでcGAMP(情報)が電位の変化を見せました、とかいう実験が並んでいる。また筆者らの結果ではLRRC8(ブログ ツイッター。。。あれ??)の欠損で培地に放出されるcGAMPの量も減っているということが示されているが、有意差(偶然とか)はあるもののその差は20%程度で、取り込みほどの差は見られない。他に貢献する分子(molecule)機構(メカニズム)や生理機能(健康?)が豊富なのだろう。


(あとは、ブログの量増やしたら情報と良い感じの返事が増えた とか、


HeLa細胞のパッチクランプ(何これ?) で私発信の情報が増えた。(ん?)


筆者の結果では、ブログやツイッターを書かなくしてみると、私の情報発信が減るが、偶然もあり得るし、書いてる時と差が20%とかだから取り込みほどの差は見られない。 取り込み。。って?
他に忙しかったり体調のこととかいろいろあるのだろう)??


LRRC8A(いなくなっちゃうよ詐欺)を欠損したマウスは様々な組織に異常をきたして死んでしまうので実験ができないが、幸いLRRC8E(何これ?ライン?)を欠損したマウスはピンピンしている。というわけでこのマウスを用いてin vivoでHSV-1(???)および比較としてVSV(???)を感染させた場合の免疫応答を見たところ、HSV-1に対する応答が野生型マウスと比べて低下していることがわかり、それまでのin vitroの結果をサポートする内容となった。(!????)


(野生型マウス=ノックアウトマウスっていつの私。。? 基礎が分かってないっぽい。)


という内容である。示したいことがシンプルなので、実験もあっちこっちに行かないし、読みやすい論文だったと思う。
ただ個人的に一番興味を引かれたのは最後の付録図表のデータで、IL1ßやTNFといった炎症性サイトカインを添加した細胞ではcGAMP(情報)の取り込みおよびIFNß(分かり合い)の産生が増強する、またこの効果はLRRC8欠損細胞では見られない、というもの。これらのサイトカイン(前は信頼って意味だと思ってたけど、、相互作用に関与する何かって事にする。) に対するNF-κB経路がLRRC8の欠損で影響を受けないという保証はないが、大方これはマクロファージ(君)のプライミングがLRRC8を介したcGAMP(情報)の取り込みを促進(物事が早く進むこと)すると解釈することができるわけで、細菌感染や共感染への細胞応答について様々な研究テーマの可能性が考えられる。


勉強嫌いで難しいこと嫌いの僕にとっては、こういう読みやすい論文がいいのである。


(難しいから!笑)

つづき

結局最初からよく分からなくて失うのが怖かったって事だね。

それがブログ見つけてすぐ素直に話しかけられなかった理由でもあるな。

でも 心配してたのは本当だし

告白だって本物だったよ。