じゃあ分かったよ。
なんで私がちゃんと感情を出さないか。
でも追いついてないのもお腹痛いのも本当だよ　笑
今実家にいるし。Caspase１のまだ読み終わってないけど　なんとなーく察してるから
今日の砂糖のもまだ読んでない。

理由１）
私、よく理解できてない事にワーワー言うの嫌いで。
嫌いというか、正直な事言うと、謎な物に感情があんまりわかない。。だって謎だから。。謎に怒っても仕方がないというか。。。
謎がいつまでも謎だから　イラつくのはある　笑　
隅々まで理解して　「こういうことです。」って　ハンコ押せてからじゃないとなんかあんまり意思の入った感情出てこないかも。これはトピック問わず、謎がピアノの事でもそう。

理由２）
とりあえず理解さえできればなんらかの意見は言える。
私が誤魔化してると言うけど、そっちも誤魔化してるのに　こっちは誤魔化すなって。
まだあんまピンときてなくて。そういうの好きじゃない。好きじゃないというか、辻褄が合わないからなんとも言えない気がする。

理由３）
性格的に、やるって決めた事に分からない事が出てくると、まあいいやってあんましたくない人。だからちゃんとしてから意見を言いたい。むしろ、ちゃんと分からない前は意見が無い人。　だって。。。分からないから。

理由４）あと、性格的に、新しい分野のこと知ることが好きだから、解読するのがそこまで嫌いじゃない。実験とか、初めて興味持った。私IoTインスタでいっぱいフォローしてるんだけど、それだって、知りたいから自分からIoTの社長見つけて、パンフレット英語に翻訳させてくださいって頼むような人。

だけど、のんびり屋さんなの。だから時間をせかされるのが苦手。だからせかされるのが嫌いかな。そうすると自分がなくなる。Not Ready なのになんか言わなきゃいけないから。そしたら　とりあえずその時の感情って　「わーーっ！」じゃん。笑
だって謎が残ってるから。だからその状況で次から次に宿題出て催促されるのが苦手なの。でもなんだかんだ、徹夜して何かに集中するのは昔っから好き。だけど美容と健康に悪いからしない方が良いのは分かってる。でも脳は止まらないから。私昔っからそう。はじめると　あれ、朝になってる！　って。。　で休憩中甘えに行くじゃん。

理由５）
あと、基礎が固まってないのに次の課題に進むの苦手。誤解があった上で議論しても　あとで　あ、そういう事？っていうの　なんか効率悪いなって思っちゃうからかなあ。
それともそこで止まってる方が効率悪いのかな。
まあこれはどっちの方法もありかなとは思うけど。今までの感じだと、ちょっと誤解があると、　後であー　そういうことだったんだ？　じゃあ　こっちね　ごめんごめん　
みたいのになっても。。。え、あの時間なんだったの？ってなるじゃん？　

理由６）
なんか、怒って欲しいのかな　って　察してるけど、君はどうして私に怒って欲しいの？だって怒るのって労力使うよ。謎が残ってると、怒るのも中途半端で　「怒ってるよ！　　　　　？？　笑」みたいになっちゃいそう。

君のバカーーー＞＜　とか心の中の　一部を掘り出して　探して　書け言われたら書けるけどさ。。　例えばだけど、
１０% バカー
３０% 多分こういうことよね？
３０% なんとなく分かった
２０% うん分かった
１０%  その他色々謎

でもなんとも言えなくない？？笑　それで怒り出す人おかしいでしょ

そこもね。私基本いっぱい直球で意思表示してるけど、君はうまいこと　「察して」　でここまで来てるじゃない？　君は何をどう思ってるの？「興味がある」とか主語がない文ってどっちとも取れるようなのはまたさ、なんか、謎がまた増えそうだよ　笑　またなぞなぞループなっちゃう。
どうして怒って欲しいの？

私がまず怒るとしたらここかな。怒るというか、謎？　なんで意思表示うっすらしかないの？
実験だから。　なんで実験するの？　興味があるから。　なんで興味があるの？　自分の分野と関係してるから。　私がたまたまそういうマウスだったから。ここまでは言ってたけど。

研究者としてじゃなくて、君っていう一人の人としての意思はあるの？

実験は面白いけど、研究者じゃない君とも話したいな。
そうしないと、機械に怒る人間なんていないというか。むしろ　いたら面白い。。
はっ　たまに私！笑

理由７）
どうせ同じ謎解きの時間を過ごすなら、できるだけ楽しく過ごした方が良いかなって思っちゃうタイプ。だけど　４はストレス感じるかな。

理由８）
最後のだって　なんかごまかしてるじゃん。（今昨日のつづき書いてるから自己権をのやつ）
主語抜けてて。
私はいつも　私は、　君は　って直球で言ってるよ。

大体、君が何のためにこの実験をしているのかが私には分からないの。
君のテキトーな興味だけのために　こっちに本気出せって言われても。
君だって彼女いるんだかいないんだかよく分からないし。
正直彼女いる人にはこっちだって一線引くべきだろうなって思うし。人として失礼になっちゃうからね。彼女に失礼だしね。
私はちゃんと真剣なんだよって書いて　テーブルに置いたわ。しかも３回くらい。いや、それ以上。その後なんだかはっきりしないのは君の方じゃないの？
こういうこと言うと君はまた私が怒って「ほっといて」って言うまで続けるの？
そんな君は好きじゃない。
私が恋してなんで怒るの？
私の事がそんなに嫌いならほっておけばいいじゃない。

理由９）さっき君のツイッターの中で「爆発的な一言で潰す」的なの見つけたけど、
いつも勇気出してるのはどっち？
どうしていつも私ばかりなの？　

だからストレートに書けば良いじゃないって最初から言ってるんだけど。

私から始めようか。というか　私は最初から直球勝負してる。

Caspase６は多分嫌な物を殺すって事だと思うんだけど。
君は、ここ細かいとこ気になるって書いてたと思うんだけど
これね、お互いに真剣な関係じゃないと出ないやつ。
自分を大切にしてくれる人がいるからこそ出るやつ。
あとは、私が一番大切な人を守る時に出るやつ。

これCaspaseの日記のまとめにもうちょっと細かく出すかな。

大体　サイレントにすでに殺してるかもじゃない。

自己嫌悪を書くような君は好きじゃない。そんなこと書く君は死んで。

まだそこまでたどり着いてないけど、

最後の日記も（自己嫌悪の）モヤモヤよ。　
主語入れて欲しいなあ。
察してくれるのありがたいけど、
察せないアメリカ人のが事が早く先に進んだりする時もある気がする。
いいとこ取りしたい性格だからどっちも良いと思う。
けどあべみたいにうやむやにして誤魔化す人がカッコ良いかと言われれば、かっこいい！とはならないかな。。

一日無駄にしたとも思ってないよ。
プラス思考だから。
お腹痛いから機嫌は悪い。
昼寝はいっぱいできた。

可能性の低い不安から体を守ろうとして、結果として逆に死にたくなった
死にたくなるとか簡単に言わないの。本当に死にそうな人に失礼だよ。
死にたいとか思ったことあんまりないかな。悩むことはあってもね。
可能性の低い不安か。恋して悪いの？

こんなクズな生き方しかできないなら、死んでしまいたい。
君のこと？　人を試すのは確かに良くないことよね。死んでしまいたいなら死になさい。
私のこと？　アップダウンあっていろいろ学んでると思ってる。
　　　　　　大体、こんな関係続けてる私、どんだけ冒険好きよ。
　　　　　　自分の心に嘘つかないタイプ。

だからもっと、まともに生きたい。
君のこと？　良いね！
私のこと？　良いね！

私はまともに生きてるよ。嘘もついてないつもり。ごまかしてもいない。自分に正直に生きてるよ。

やる気出せよ
私最初からやる気いっぱいじゃない？
こないだは全部やる気出してたらダメ的なこと書いてなかった？

緑のところは　まだ読めてないところだよ。
今の状況はUoORFまだたどり着いてない。 Caspase-6これからはじめるとこ。

先ほどに続いてiScienceで目を引いたこちらの論文。
一応自分のやっている領域が自然免疫なので、どうしても関連のあるものに目が行きます。
 
Inhibition of cGAS-Mediated Interferon Response Facilitates Transgene Expression - ScienceDirect
また中国からの論文です。どんだけ中国からの論文なんでしょうか。
読む論文がほぼ毎回中国の研究成果で理由もなくイライラさえしてきました。
もう一度言います、理由はないです。念のため。
 
毎回中国でイライラしている。
それでイライラするなら好きな論文で良いよ。笑　
だって気がついた。どの論文使っても私の理解度にはあまり変わらない気がしてきたから。とりあえず簡単にさえ書いてくれればオッケーっぽい。

これは「cGASを介した（通した）IFN応答を抑えることで導入遺伝子の発現が増強する」というタイトルで、非常にシンプルな主張を、事細かに実験して示している論文です。
cGASってのは以前のブログ記事でも書いた気がしますが、細胞質の中にあるDNAの受容体（外界や体内からの何らかの刺激を受け取り、情報として利用できるように変換する仕組みを持った構造のこと。）。基本的にDNAってのは核やミトコンドリアの中にあるものなので、細胞質の中でDNAを感知するってことは、それがウイルス由来のものであったり、あるいは核やミトコンドリアが傷害されてDNAが漏れ出ていたり、とにかく細胞にとっては何かよくない状態なので、それを感知したcGASが下流のシグナルを活性化してIFNなどのサイトカインを出すわけですね。
 cGAS ＝　情報を受け取ってアウトプットする仕組みで、
よくないことが起こるとIFNとかのサイトカイン（守る物、自分を守る言葉）を発する。

さて、生物系の研究室に入って分子細胞生物学に携われ（たずさわる）ば誰しも一度は経験する (?)遺伝子導入。エレクトロポレーションとかPEIとかリポフェクションとか、なんだかややこしい名前の手法は数あれど、要はプラスミドという遺伝情報を含んだ輪っかを何らかの方法で細胞の中にぶち込んで、細胞にその遺伝子がコードするタンパク質を作ってもらおう、っていう実験です。
 
遺伝子導入の紹介してる。　なんで紹介してるんだろ。　それをしてみようかな。
プラスミド（遺伝子情報を含んだ輪っか）を　どうにか　細胞に入れて、　細胞にその遺伝子がコードする　優しさを作ってもらおうという実験。
えこれをどうにかしたら　君がもっと　優しくなってくれるの？？　✨　　✨　　✨　
プラスミドを君にいれれば　君が優しくなる。　

 
当然これもDNAを細胞質に流し込むので、それをcGASが感知して免疫応答起きちゃうじゃないのっていうことは、結構前から言われていました。
で、ここでいう免疫応答、すなわちIFNというサイトカインって何するの？っていうそもそもの話ですけど、これは抗ウイルスサイトカインともいわれるように、ウイルスの増殖を抑えることを主の役割としています。具体的には、細胞がI型IFNを産生すると、自分あるいは周囲の細胞の表面に発現するI型IFN受容体と結合し、その下流でIFN刺激遺伝子 (IFN-stimulated genes; ISGs)の発現を誘導します。ISGsは無数にありますが、中でも有名なのがタンパク質の翻訳過程を阻害するPKR (protein kinase R)や、RNAを分解するRNaseLを活性化させるOAS (2',5'-oligoadenylate synthetase)などです。ここでポイントなのが、これらの作用にはあまり特異性がない (とされている)っていうこと。つまり、宿主の細胞の転写や翻訳も抑制されてしまうわけです。
 
DNAを君に流し込む。それを　受け取ってくれて、起きちゃうじゃないのっていうことは前から言われていた。
こういうのやめてって叱ればいいんだ。　えー怒ったじゃん？確かに　怒るのと叱るとは別だね。　説得してみよっか。

（（（私用：　　　誰かがI型IFNを作ると、自分や周りの細胞の周りに現れるI型FN（外界や体内からの何らかの刺激を受け取り、情報として利用できるように変換する仕組みを持った構造のこと。）とくっついて、その後ISGsを作る。ISGsはいっぱいあるけど、中でも有名なのが　優しい表現を邪魔をするPKRや、RNAを分解するRNaseLを活性化させるOAS (2',5'-oligoadenylate synthetase)などです。）

PKR と　OAS ＝　私が嫌いなやつ。

ここでポイントなのが、これらの作用にはあまり特異性がない (とされている)っていうこと。つまり、宿主の細胞の転写や翻訳も抑制されてしまうわけです。

ポイントなのによくわからない。。💧　これらの作用(effect) はあまり特異性(specific)がないとされている。。。what?      

つまり、宿主（私）の転写（真似っこ）や翻訳も抑えられてしまう。
つまり、私の　真似っこや　タンパク質（優しい表現）を読む力も抑えられてしまう。＝なんでも疑いだしちゃう。

つまり、私の。。真似っこ。。。　。。

ということでこれまでの話を組み合わせると、
細胞内に導入したプラスミドがcGASを活性化させて、最終的に出てきたISGがそのプラスミドの発現を抑制する
ということが簡単に予想できるかと思います。で、この論文はそれを示した、ってことです。

PKRとOASというひねくれたISGを消せば君が優しくなってくれるんだ。
分かった。

というか、優しくなってくれるんだ　とか　

そう言う事じゃなくて、

嫌味を言うとか、皮肉を言ったり、ひねくれていると、君が損しちゃうよ。
それに、私そいうの嫌い。
そんな事言ってたら誰も君の本心分かってくれなくなっちゃうよ。
一人ぼっちになっちゃうよ。
周りの人も疲れちゃうし、迷惑になることもあるよ。
私も全然嬉しいと思わない。
ひねくれのループになったら君は誰にも信じてもらえなくなっちゃうよ。
君はネガティブ　ループが好きなの？
１つづつネガティブ要素潰しってったらキリがないから
良い事思いついたよ。
そういうループを全部いっぺんに解く方法。これから来るやつもこれに当てはめてね。　

こんなような言葉を読んだことがあったな。

思考に気をつけて。
それはいつか言葉になるから。
言葉に気をつけて。
それはいつか行動になるから。
行動に気をつけて。
それはいつか習慣になるから。
習慣に気をつけて。
それはいつか性格になるから。
性格に気をつけて。
それはいつか運命になるから。

少し怖くない？ここで君が　不幸のループを選んだら、自分が不幸になっちゃうよ。
きっと周りの人はとても悲しむし。私もそんな君は嫌。
ポジティブを選んだ君は、君の事が大好きな人達を救うヒーローになれるかもしれない。すごい自信に繋がりそうね。

だから私にきつい言葉発するとかひねくれたり皮肉ったりするのやめて。
物の言い方とかも気をつけて。

私は私で
最近は毒を吐いてストレス発散は良い事に繋がる事もあるということに気がついた。

両方バランス良くできたら良いのにな。

となると、
お互い理解して許してあげる関係ってWin winで素敵な関係かも。

ということでぶっちゃけもう書くことはないんですが、一応触れておくと、
* CRISPR-Cas9系でcGASを欠損させた細胞 (L929細胞やBJ-5ta細胞)では、リポフェクション法で導入したGFPやルシフェラーぜのプラスミド発現のレベルが増強した。
（話逸れるんだけど、CRISPRの事を（とりあえず存在）を君に教わる前から知ってた私、芸術家なのに凄くない！？　（今自慢してるの！　なんかDNA切ってやるやつだよね。２０１７とかにググって　分かんなかったからセルに論文載せたおじさん探し出してわざわざ聞きに行ってみた経験がある　笑　細かい事綺麗に全部忘れちゃったけど。なんか、朝の会で話題になって、分からない日本語を書き留めて家に帰って調べた事があったんだけど、その中にクリスパーも入ってて。名前がカッコ良かったから気になった　笑）

cGASを無くした細胞　＝　自分に自信を無くした私　は、
よく怒るようになった。　　

* 逆にcGAS （情報を受け取ってアウトプットする仕組み）やRIG-Iなど自然免疫系を活性化させた培養上清を添加したり、IFNßを添加すると、野生型細胞におけるプラスミド（叱る事）の発現レベルは低下した。

cGASや　　
RIG-1 新しくない？
IFNβ  （β ついたよ？）ウイルスの増殖を抑えることを主の役割とする
これらを足すと、　野生型細胞（安心してる私）の叱る発言は減った。

* 初代培養のマウス胚線維芽細胞 (MEF)でも、cGASやSTINGの欠損細胞、あるいはこれらを薬剤で阻害した細胞ではプラスミドの発現レベルが増加した。なお同様に、STING下流のTBK1やIFN受容体下流のJAKを化合物で阻害した際にも同様の結果が得られた。


MEF
TBK1、JAK
新しいやつだ 

* GFPプラスミドを導入した細胞でRNA-Seqをしてみたところ、上記から予想されるようにISGsの多くが発現上昇していた。中でもOAS1-3のうち、OAS1とOAS3はCRISPR-Cas9を用いて欠損させるとGFPやルシフェラーゼのプラスミド発現量が上昇した。同様に、これらOASが活性化することが知られているRNaseLを欠損させた細胞でもプラスミドの発現レベルは増加した。


GFP 
OAS （なんか私が嫌いなやつ）をなくすと、私がよく怒った。



* ということで逆にFLAGタグを付加したRNaseLを発現するプラスミドを導入した場合について、cGASやSTING欠損細胞でその活性を比較した。FLAGタグに対する抗体で免疫沈降し、その量を揃えてからRNAとインキュベーション。RNAがどのくらい分解されているかをみた実験だ。結果としては、流れから予想できるように、cGASやSTING欠損細胞ではRNAの分解が抑えられている。すなわち、cGAS-STING経路がプラスミド導入時のRNaseLの活性化に必要、ということが言いたいわけである。このRNaseLの重要性については、RNaseLを欠損した細胞ではIFNを含む培地での培養がプラスミド発現を抑制しなくなったというデータを最後に示すことで強調している。
ということです。ご丁寧にRNA-Seqまでやっちゃうんだこの研究に、っていうのが面白かったです。要はみんなが研究室でなんとなくこうだよね、って言っていることも、金と時間と労力をかけて丁寧にデータを積み上げていけば、こういう論文になるんだよっていう感じです。
上の緑のとこまだなんなのか理解できてないけど、
客観的に見て、頑張った人に対してそんな言い方は可哀想じゃないかな。私がどうこうとかじゃなくて、そういうことやってると in general 君が損しちゃうかもよ。本当は気がつくの上手でしょ。　素直に頑張っている人に　おいでおいで　って言って、　「ご丁寧に来てくれたんか。オモシレー」　って。失礼だよ。良くないんじゃない。
 
また個人的に興味深かったのは、実は補足図表に入っていた実験で、プラスミドではなくレンチウイルスでGFPを発現させる系。この実験系でもGFPの発現量は顕著に増加していました。まあそりゃそうか、という気もしなくは無いですが、それでも「プラスミドはcGASを活性化しちゃうからウイルスベクター直接核内のDNAに組み込んじゃおう」みたいな考えでウイルスベクターを選択してる人って結構多い印象で、あんまりそれって理論的では無いのかな、なんて思いました。わたくし不勉強ですね。うん、わかってても面倒なので調べません。勉強大嫌い。
 
さて、実際にどのくらいの人が、「じゃあこれからはcGASやRNaseLの欠損細胞で遺伝子の過剰発現をしよう」となるでしょうか。cGASは細胞の微細な環境変化を捉えて活性化する分子なので、その欠損細胞だけで実験すれば、分野によらずデータ解釈に影響を及ぼすことは間違いないでしょう。タンパク質精製だったり、あるいは遺伝子機能解析でもどうしても発現レベルを上げたい、って時の最終手段としてこれらの遺伝子をノックアウトしてみるってのはアリかもしれませんね。
まあ、ぶっちゃけそれだったら他にもっと良い方法がある気がしますが。
 
あくまでも、より詳細な分子機構がわかった、という風にだけ受け止めておけば良いと個人的には思います。

簡単に書いてくれた方が、勘違いも防げるし、個人的にも楽で良いサイクルみたいね。

UORF とりあえず置いといて　Caspase６　読む事にした。

数日前に書いた日記。

追いつく事で精一杯で下書きに残っていたやつ。

追いつことだけに精一杯で、追いかけてばかりだったから
今から２０分くらい
何かを呟いてみようと思う。

最近自分らしさを出そうとして無理して怒ってみたりわめいてみたりしている気もする。それに、君にこんなに子供みたいな沢山のワガママを言えていて、初めての体験をしているここ最近。こうなれたのも君のおかげ。まだ不器用ではあるけれど。言い過ぎな気もしなくないけど　良いのよねきっと。言い方ってのはあるなって今思うと思う。
私も。たまに君も。笑　これから成長していけたらいいな。

なんだか最近自分が、オーバーセンシティブになっている事にも気がついた。
ちょっと珍しい現象が起きている。どうしたんだろう。きっとこれで良いのよね。新しい発見は最初はきっとセンシティブで慣れるのに時間がかかるんだ。

新しい発見は基本好き。

でも今の自分は　自分自分てなっている。
良いのかな。
自信が少し減っている。

そんなことがあって
自信について　思い出してみた。

自信を感じる方法って２種類はあると思うの。

一種類目：

周りの影響とか、周りと比べてから来る自信。
コンクールの良い結果とか。
努力が認められて　なんらかの形になった事実とか。

でも、常に上には上がいるし
自分を良くしようって思い始めたら、終わりはない。

比べる事はやる気に火をつけるツールになることもあるよね。

二種類目：

自分で努力して得た知識には自信を持って良いはずよね。今の結果が負けでも、得たものって大きい。絶対次に繋がる。

こっちの自信は失う事はきっとないよね。少し落ち込んだ時はこっちに目を向けると良いかもしれない。
努力って絶対なんらかの形で自分に帰ってくる。

むしろ、自信があるという事は上が見えていないという事。これって、実は一番最悪の事態だし、生きていてもつまらないんじゃないかしら。
じゃあ今私が自信がなくなっているという事は、視野が広まったって事なんだろうな。

思ったことはとりあえずアウトプットしてみるの。
何か先に繋がるかもしれないから。

最近少し体調悪くて。少しゆっくりにしてみようかな。
言い訳じゃなくて、これは本当にお願い。私の時間が必要です。
私が時間が必要って言ったら、適当にしているからではなくて、本当に必要だからだよ。

この時は時間が必要と書いたけど、　今は次に進みたい。

ワガママかな。