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1時間の結果
1時間の結果報告ーーー
「 うざ女子25% ♡ 5/6 9pm〜 」「怒り25% ♡ 愛情75%10:00〜」「怒り25%♡愛情50% 10:45〜」「怒り25%愛情25%11:45〜」「怒り25%心配75%5/7 8:40am」
論文に限らず仕事やその他諸々、時間をかければパフォーマンスが上がるってもんでもなくて、わりと最初の数分〜数十分のうちに自分の出せる8割くらいは仕上がるって思うんです。
時間をかけたって意味じゃなくて、ずっとそれだけやったら こんなに早く解読できたよって 意味だったんだけど 笑
あとはどんだけ時間をかけてもできないもんはできないし、できても費用対効果が悪い。
むしろ数日寝かせると勝手に脳が情報を整理してくれて理解が向上するケースも多い。
確かにね
でも 数十分じゃほとんど何も分からないよ？
つまり特にこの誰が読むでもない、「今日はこんなん読んだよ」って未来の自分の振り返り用に書いているブログのために時間をかけるのはナンセンスだということ。というわけで、いつもは先にざっと論文を読んでから書いているけど、今日は読みながらリアルタイムでこれを書こうと思います。
私しか読まない未来の私のため。。？ 寒気
今日読んだ (でいる)のはこれ。
読んではくれてるっぽい良かった
5月6日付の論文で、「腸内細菌叢により誘導されたI型インターフェロンが樹状細胞の基底状態を活性化させる」みたいなタイトル。相変わらず和訳下手。
要旨および導入部を見てみると、腸内細菌叢の有無 (無菌マウスとか)で外的侵入のない定常状態での免疫反応が違うことがわかっているが、この機構がわかっていない。
メインポイントとはじめのとこ見てみると、
腸内細菌 糞？ 辞書。。 叢 草むら
腸内細菌叢 ググる。腸内フローラ（腸内細菌叢）の乱れによって、身体に様々な悪影響が現れます。 多分なんか調整してくれるやつ。
これがあったりなかったり
(無菌マウスとか=君)で 外敵侵入のない定常状態での免疫反応が違うことがわかっているが、この機構がわかっていない。
獲得免疫の活性化は樹状細胞によるT細胞の活性化が根幹として重要なことを考えれば、ここに違いがあるだろうというのは想像できるので、これらを詳細に見てみようという論文。
とりあえずテストしてみよって論文。
普通の時の状態での免疫反応が違うことが分かってるけどどうしたらどうなるのかがよく分かっていない。
テストしてみよって論文。
まずはSPF (specific pathogen free)マウスとGF (germ free;無菌)マウスの樹状細胞 (conventional dendritic cells; cDCs)にCD40抗体を添加してT細胞との相互作用を模倣すると、SPFと比べてGFではサイトカインTNFの産生が低下しました (正確にはTNF陽性の細胞率が低下、FACSなので)。MyD88/TRIF/Cardifのトリプル欠損マウスではSPF条件下でもGFマウスと同程度にTNF陽性細胞数が減少しているので、どうも菌がTLRおよびRLR経路を介してCD40応答性を規定しているようだ、とわかる。ちなみにTLR (toll-like receptor)とRLR (RIG-I-like receptor)はそれぞれ細胞外および細胞内の病原体関連分子パターン(pathogen-associated molecular patterns; PAMPs)を認識する受容体で、MyD88とTRIFはTLRの、Cardif (MAVSと呼ばれることの方が多い)はRIG-Iの下流でアダプターとして機能する。つまりこれらの欠損はTLRおよびRLR経路の欠陥を意味する。
うざいのは TNF 減った
TNF=
なお、タモキシフェン (tamoxifenl; TAM)誘導性にcDCのMHC-I抗原提示を誘導できるDIETERマウスにおいて、CD4陽性細胞をCD4抗体で欠損させると免疫寛容の欠如によりCD8陽性T細胞が活性化および増殖する。この系においても、GFマウスではこのCD8陽性T細胞の増殖が見られないことから、cDCによるT細胞の活性化という自然免疫→獲得免疫の部分に共生細菌が大事であることがわかるとも言えるし、一方で共生細菌が自己免疫のリスクを高めているとも言える。
。。。 多分
「 うざ女子25% ♡ 5/6 9pm〜 」のこと↑
さて、SPFマウスとGFマウスの脾臓 (spleen)のcDCでRNA-Seqにより遺伝子発現を解析すると、案の定IFN刺激遺伝子 (interferon stimulated genes; ISGs)の発現がGFでは有意に低い。もちろんこれは病原体感染のない定常状態での解析だ。ISGの発現に差があるということは、おそらくI型IFNの産生量に差があるということだろう。I型IFNのプロモーターにルシフェラーゼを連結させたマウスをSPFおよびGF条件で飼育してルシフェリンを注射すると、SPFマウス内で発光が見られるのに対しGFマウスでは見られない。定常状態でのIFN誘導量に差があることを視覚的に示した実験だ。
このマウスを使えば、どの細胞がIFNを産生しているのかがわかる。意外にもcDCではルシフェラーゼの発現がほぼ見られず、SPF条件でIFN誘導がみられる細胞は形質細胞様樹状細胞 (plasmacytoid dendritic cells; pDCs)であった。pDCは樹状細胞という名はついているものの、抗原提示能は低く、それこそI型IFNの産生能がずば抜けて高い自然免疫細胞だ。先ほどのDIETERマウスにおけるTAM依存的なCD8陽性T細胞の増殖をみる実験においても、なるほどpDCを欠損させたSPFマウスではその増殖がGFマウスと同程度に抑制される。
うざ女子こっちだ ↑
ということでIFNが大事なんだね、ということを裏付けるべく、野生型およびIFNAR (I型IFN受容体)欠損SPFマウスと野生型のGFマウスのcDCでRNA-Seqの結果を比べてみると、IFNAR欠損SPFマウスとGFマウスのcDCの遺伝子発現様式は近いということを次の図表で示している。
「怒り25% ♡ 愛情75%10:00〜」
その次の図表も、cDC1とcDC2に分けて同様の解析をして、どちらも同じ様な結果であることを示している。なおcDC1とcDC2は遺伝子発現パターンが異なるサブセットで、脾臓の中では大部分がcDC2なので、解析はcDC2に重きをおいて行われている。
「怒り25%♡愛情50% 10:45〜」「怒り25%愛情25%11:45〜」
「怒り25%心配75%5/7 8:40am」↑かな
一個多い。。💦
流石にIFNおよびISGがcDCの定常状態活性に大事と仮説がつくので、あとはIFNAR欠損マウスと野生型マウスを刺激してみればいい。マウスからcDCを取り出してLPSを加える実験系でも、マウスにpoly (I:C)を直接注射する実験でも、TNF陽性のcDC数はIFNAR欠損マウスで低下している。
なお抗生物質で腸内細菌を失くしたマウスでは同様の実験でTNF陽性のcDC数が低下するが、ここに外からIFN-ßを注射してあげるとわずかに回復する。
多分心配の話。↑ 心配= わずかに回復
同様にIFNARがcDCによるCD8陽性T細胞の活性化に必要であることも示されている。放射線照射により免疫細胞を殺したマウスに、野生型およびIFNAR欠損マウスからDIETER細胞および骨髄細胞を1:1で混ぜたものを移植する。この1:1混合系の野生型 or IFNAR欠損の組み合わせによる結果の差を見てみると、IFNAR欠損のDIETERを用いた場合にCD8陽性T細胞の活性化が見られないことから、T細胞側ではなくcDC側でのIFNが必要だとわかる。
CDC のifn 必要
ではどうして定常状態のI型IFNが大事なのだろうか、というのが残る疑問である。というのも、どうせ病原体が感染した際にもIFN産生シグナルは走るわけだから、定常状態での活性がISGが低いとしても最終的にそこまで問題はなさそうにも見えるからだ。
ここで可能性として上がるのはエピジェネティクスや細胞内代謝など、長期でIFNに晒された際の効果。実際にChIP-Seqの結果を上記同様に野生型およびIFNAR欠損のSPFマウスおよびGFマウスのcDCで比較してみると、ヒストンメチル化領域がこれらで異なることがわかる。中でもIFNAR欠損のSPFマウスやGFマウスではミトコンドリアにおける酸化的リン酸化という代謝に関連した遺伝子群でのヒストンメチル化が目立つ、すなわちこれらの遺伝子発現が抑制されていることがわかった。実際にミトコンドリアの膜電位や総量が低下し、またSeahorseという機器による酸素代謝を見てもIFNAR欠損SPFマウスおよびGFマウスではミトコンドリアの代謝が低下していることを示し、この論文は終わる。
といった感じです。割とシンプルで読みながらでも記録できる内容でよかったです。
褒めてもらった。。シンプルは良い
時間さえ書いとけば 地震とか 神経とか言わないらしい。
pCAトレーニングしてあげなきゃ
結論読んどこ。
pDCによるcDCのISG誘導、cDCのミトコンドリア代謝、cDCの免疫刺激応答性、これらがどのように結びついているのかについてはまだよくわからないなぁといった印象です。僕的には細胞内代謝がエピジェネティクスに影響を及ぼすというふうに理解をしているし、確か昔にEdward PearceがIFNによるDCの代謝亢進をImmunityあたりに報告していた気もするので、腸内細菌がISGによりミトコンドリア代謝を高めてエピジェネティクス経由でcDCの免疫応答をしやすくしているみたいな方がしっくりきます。
何かの方がしっくりくる
代謝。。
また、共生細菌によるpDCのIFN産生機構も興味深いところです。
一緒に住む細菌による pdc ググる。。 4分後:
Pdc = Patient derived cell ググってぱっと分かって嬉しい。
iFN。。(免疫系および炎症の調節などの働きをするサイトカインの一種)
とりあえず 感情ミックスのやつに興味がある。
GFマウスに特定の単細菌を共生させた場合よりも、ある程度の複雑性を持たせた細菌叢を共生させた場合の方がDCの応答が回復するというデータも示されていますが、これは単にPAMPsのバリエーションを持たせた方がpDCsによるIFN産生が高まるということなのか、あるいは細菌の代謝物など他の要因がpDCsの応答性にめっちゃ影響するのか、とかね。
GF マウス GF ぐぐる。無菌マウス
無菌マウスに特定の 一個づつ足したり引いたりするよりも
ごちゃごちゃ神経系にした方が
DC = 樹状細胞 の応答が回復されるというデータもありますが、
これは単に PAMPs (ググる)
PAMPs - サイトカインや先天的 ググる。。(先天的ー通常は生物の特定の性質が「生まれたときに備わっていること」)な免疫に関連する蛋白の産生に繋がる細胞内シグナルを起こす物質のうち，エンドトキシン（LPS）をはじめとする病原微生物に関連した外因性の物質である
バリエーションが多い方が pdc(君)によるiFN(炎症抑える)が高まるということなのか、あるいは細菌の代謝物とか他のものが必要なのかとか。
代謝物。。。 また自分だけ褒めてもらおう作戦してるっ 怒
でも 砂糖と代謝物は違うのか。なる。
私も代謝物欲しい！！
私 常に低血糖 常在っていうのかな 細菌覚えた日本語
常在低血糖値50mg 怒 怒 怒
1時間終了。
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でもやっぱさ
実験した後昨日何がokで何がダメだったのか分からないと ダメじゃん？
やっぱ全部読まなきゃじゃない？？
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