今日は三度寝をしていつもより3時間も遅く起き、朝は何も集中してできず、挙句に選んだ論文があまりに専門外で意味不明。なのでもうほぼ何も書くことはありません。

嫌がらせみたいのしないで
やっぱり、生まれ変わるなら
良いように生まれ変わってね
いつもみたいに早起きしてね
生まれ変わるなら
出会った時の君の良いとこと最近の君の良いとこ両方ミックスしてね

Induction of recurrent break cluster genes in neural progenitor cells differentiated from embryonic stem cells in culture | PNAS
「ES細胞から分化させた神経前駆細胞におけるDNAクラスター損傷の誘導」みたいなタイトルのこちらの論文。僕からしたらタイトルの時点で意味不明なんですが、要は隣の学部の同期の子が出した論文なので気になって目を通してみただけです。うらやまぼくも自粛あけがんばる

君も頑張って
ズーム飲み会も頑張って

彼女のいるラボのボスはFrederick W. Alt。DNA損傷修復について研究しているグループで、主にT細胞とB細胞におけるV(D)J再構成系の研究を盛んにしています。という認識だったので読んでみたら神経の内容でぎゃふんなう。

V(D)J再構成系　ー　遺伝子のランダムな組合せ　V(D)J遺伝子再構成は、脊椎のリンパ球の遺伝子断片（V、D、J）のランダムな組み合わせである。いろんな遺伝子をランダムに選べるので、いろんなタンパク質をつくり、いろんな抗原（バクテリア、ウイルス、寄生菌、腫瘍、花粉など）に対抗することができる。

ん　　私の日記みたい

君は神経の内容は苦手。
神経の内容＝なんかcomplicated なやつって事だと思う。
きっとシンプルにすれば良いんだ　一回一つとか。　OK

細胞内のDNAが損傷を受けた時は、それを修復する仕組みがもちろんあって、そのうち非相同末端結合 (non-homologous end joining; NHEJ)という過程があります。これにはXRCC4やLig4などのリガーゼ複合体がスティックのりみたいにそこらへんの塩基をいい感じに貼り付けて、切断された二本鎖DNA損傷 (double-stranded DNA break; DSB)をつなぎ合わせてくれます。そこらへんの塩基をのり付けするので、これが元通りにならないことも普通にあって、その仕組みはT細胞の受容体やB細胞の抗体の遺伝子には多様性が持たせられています。
ということで免疫学の授業ではこのわけわからんV(D)J再構成というのを勉強しなければいけないのでマジクソ嫌いだったんですが、このNHEJによる遺伝子の編集は免疫細胞のみならず、脳神経の発達においても非常に重要らしいです。詳細は端折（ハショる）るというか面倒なので読みませんが、神経前駆細胞でのNHEJが大切らしいです。前駆細胞で修復できないと、その後の細胞でも遺伝子に損傷が入りっぱなしで脳みそボンバイエです。

非相同末端結合　ー　DNA二重鎖切断のDNA修復メカニズムの一つである。　つなぎ合わせる。　

つなぎ合わせるのは良いコト。　

NHEJーpathway that repairs double-strand breaks in DNA.

繋げると脳神経の発達に良い！　繋げよう！　
でもめんどくさいらしい。
めんどくさいの　悲しい
何を繋げるの？

遺伝子に損傷が入りっぱなし　＝　遺伝子に傷がつきっぱなし
じゃあ　褒めても
褒めた後　嬉しくないふりしてプイってするの　やめてね
嬉しくないならしょうがないけど

前駆細胞で修復できないと、その後の細胞でも遺伝子に損傷が入りっぱなしで脳みそボンバイエです。

前駆細胞＝は幹細胞から発生し体を構成する最終分化細胞へと分化することのできる細胞

最初でおかしくなったのを思い出しちゃってて私の脳みそボンバイエです。
確かに！
じゃあ今までの良いところと
これから先だけ見ていこう！
ということだね

そして過去にこのグループがlinear amplification-mediated, high-throughput, genome-wide, translocation sequencing (LAM-HTGTS)という手法でDSBがたくさん起こる場所 (recurrent DSB cluster; RDC)を調べてみると、ほぼ全てが遺伝子のコード領域にあったみたいで、めっちゃ長い遺伝子領域 (> 0.5 Mb)にあるやつだったり、その他> 80 kbや < 20kbの遺伝子領域にもあるそうですが、長い遺伝子領域にあるRDCが最も多く脳腫瘍などの病気との相関も強いらしいです。ちなみに用いたのはXRCC4とp53を欠損したマウスの神経幹/前駆細胞 (neural stem and progenitor cells; NSPC)にaphidocolin (APH)という軽度な複製ストレスをかけたモデルらしいです。XRCC4は前述の通り修復遺伝子の一つなのでこれがないと修復が上手く起こらないので損傷部位を調べられますが、これだけだと細胞が死んでしまうのでp53を欠失させて生きた状態での解析をしてる、みたいな感じだと思います。
ただこういったRDCの原因などはよくわかっておらず、マウス初代培養系のNSPCよりいい研究ツールはないかってことでES細胞から神経前駆細胞 (neural progenitor cells; NPC)に分化させる系で同じことをやった、っていう論文だと思います。ちなみにNPCに分化させた後でAPHを与えているみたいです。

DSBー細胞にとって最も脅威となる DNA 損傷である。　えDSBってやばいやつだ

を調べてみると
長い遺伝子と
RDC＝何かよくない物。
脳腫瘍。。

あれ、私が君を実験してることになってる。

実験してほしいの？
確かに君がそういう風に仕向けている気がする。
実験か。

軽度な複製ストレスをかけたモデルらしいです
APH ＝　軽く真似っこしてストレスをかけたモデルらしいです

NPC ＝　神経前駆細胞とは、神経系の未分化細胞であり、限られた分裂回数の後に分化を遂げるように運命付けられた細胞を指す。

NPCに分化させた。。

そっか私がやったことを君が論文に当てはめてるから
これ私が読んで解読してても
お互い解読のループだね　笑　

じゃあどうすれば良いの？
やっぱり君を実験すれば良いの？
君、実験されたいっぽい。
だって、質問しても答えてくれない。
質問には答えませんみたいなTwitterフォローしてたし。
それに、何か一緒にしよう！って言ってもしたくないっぽい。
でも、私が何か私生活の情報を出すと君も出してくれてるっぽい気はする。
嬉しいからもっとしてね

君の態度で私が混乱してよく分からなくなってる時がある。
君が何すると嬉しいのか知りたいから
じゃあ、
君を単純にしてみよ
最後の図を見てね！

結果は、 ES細胞で認められたRDCはNPCでの解析結果に含まれているが、NPCではさらにもっと多くのRDCが確認されました、ということだと思います。

結果は、もっと多くの悪い何かが確認されました　ということだと思います。

ES細胞　ー　ヒトやマウスの初期胚（胚盤胞）から将来胎児になる細胞集団（内部細胞塊）の細胞を取り出し、あらゆる細胞に分化できる能力（多能性）をもったままシャーレの中で培養し続けることができるようにしたものをES細胞（胚性幹細胞）という。

前認められた悪いところは、今回もっと多くの悪いところが確認された。

ん？

さてゲノムワイドにシークエンスを行ってそれぞれのRDCが属する遺伝子について、global run-on sequence (GRO-Seq)という方法でその転写を比べてみました。というのも転写活性がこれらのDNA損傷パターンと関連があれば、RDC 形成のメカニズム解明の一端となるかもしれないから。しかし、その転写活性のパターンは遺伝子間でバラバラで (ESで高くNPCで低い、両方で高い、などなど)、転写活性が明確な手掛かりになることはなさそうだ、という感じぽいです。

私がテンション上げても君が良くなることはなさそうだ、という感じぽいです。
なんかいっぱいごちゃごちゃ難しいね。
こんななら確かにやる気なくすね。
私ってごちゃごちゃらしい。確かに確かに。

というわけでES細胞、NPCでのHTGTS解析、それから各遺伝子のGRO-Seqの解析結果という3つの図表でPNASに載ったこの論文。データが少ないので読む方は楽でいいですね。

読むだけじゃなくて何かしてみてってことだね。

まあまともに読めてないんですけど。

もうすぐ卒業なのかなあ、いいなあ。

君ももうすぐだ頑張って
昨日のズームの時怒っちゃった。
実はそのことについて長い日記を書いてたから　ダブルになって時間かかっちゃったんだ。
でも今省略してここに書くよ。

怒った理由とか言いたかったこととかもっといっぱいあったけどとりあえず

君はプロテインとか実験の話とかオレオの話をしてくれているときはすごくかっこいいの
ズームの時も　人見知りしそうな時も　そうしてたら良いじゃん

それにもうすぐ卒業だよ。
今回議論の場所を１つ無駄になっちゃった。勿体無いよ。
あと２年しかないのに
終わったら社会人。
こんな恵まれた練習場所
学生だからどんなに恥をかいても許されるじゃん
学生だからこそ適当なこと言っても間違ったこと言っても許されるじゃん
その場所はもうすでに甘々な場所じゃん
そのOpportunity,使わないならアルジャノンがちょうだい言ってる

ツギズームギロンシタトキハ　チャントハツゲンシテ　アルジャーノンニホウコクスルコト。
チャントハツゲンデキナカッタラアルジャーノンキミノマクラニ💩スル！　🐁

何に臆病なの？　大勢の前の発言て確かに怖い。
今発言するのも怖いかもだけど、学生中ズーム議論とかの場で発言をする練習をしなかった為に　ジョブインタビューで喋れなくて仕事取れなかったり、仕事で失敗したとかいう羽目になった方がよっぽど怖いと思う
だってサイエンスの話ししてる君かっこいい＾＾

本当はもうちょっと役にたつかもなEyeOpenerかもしれない情報（？）もあるんだけど、知りたいのか分からないからホールドしとく。

とりあえず

Plutchik’s wheel of emotions

これの
ピンクに囲ったとこだけやってみて
青いのは
しないでね