日本のGW中は色々あって僕も午前中は何もしないので、午後からざっと論文に目を通すわけですが、軽い気持ちで選んだ論文がわけわかめすぎてもう適当です。

色々ってなに？
軽い気持ち　ok
私も気軽に読むね
そっか　めちゃくちゃでごめん。
私、大人になろ。
w
Niche-Specific Reprogramming of Epigenetic Landscapes Drives Myeloid Cell Diversity in Nonalcoholic Steatohepatitis - ScienceDirect

「非アルコール性脂肪肝炎において微小環境特異的なエピジェネティクスのリプログラミングが骨髄系細胞の多様性につながる」とでも訳しましょうか。カリフォルニア大学サンディエゴ校 (University of California, San Diego; UCSD) のChristopher K. Glassの研究室からの論文です。

実は彼は数ヶ月前だったかにウチのセミナーに来て、この論文の内容をプレゼンしていました。なので懐かしいなぁなんて思ってクリックしてみたんですが、もうね、僕みたいなオールドスクールin vitro実験者にはPCAプロットとかいっぱい出されてもよくわからんのです。

数ヶ月前＝普通の君✨
オールドスクール＝古い　＝　昔の君✨
in Vitro実験者　＝　実験だった✨
PCA = 相関のある多数の変数から相関のない少数で全体のばらつきを最もよく表す主成分と呼ばれる変数を合成する多変量解析の一手法。

そっかじゃあシンプルにするように心がける。
ごめんね昨日私　いっぱいいっぱいだった
君PCAできるようになったらPIに近づける？
PCA頑張ってね✨

とてもじゃないけど免疫学やってます、なんて言えない。笑

PCA頑張ってね✨

（いいの分野違うから）

PCA頑張ってね✨　
凄く応援する

もうあれよあれよと夕方なので、ざっくり要旨レベルを書いて本日の記録としておきます。現時点の脳みそレベルということで、いつか将来にこれを見返して鼻で笑える日が来ればいいと思います。

鼻で笑う。？　
ロバみたいだからちゃんと口で笑ってね
鼻で笑う＝相手を見下してあざけり笑う
英語でsnort って笑い方知ってる？
見下さないでね✨
いつか笑える日が来ればいいと思います　　✨　いいと思います✨　

さてマクロファージには脳や肝臓などの組織常在性 (卵黄嚢や胎児肝由来) のものと骨髄の造血幹細胞 (hematopoietic stem cells; HSCs)由来のものがあるわけですが、例えば肝臓の常在性マクロファージはクッパー細胞 (Kupffer Cells; KCs)なんて呼ばれています。

そういえば昔はマクロファージが君のことだと思っていた。
久々に登場したマクロファージ

マクロファージ　ー（Macrophage, MΦ） 生体内をアメーバ様運動する遊走性の食細胞で、死んだ細胞やその破片、体内に生じた変性物質や侵入した細菌などの異物を捕食して消化し、清掃屋の役割を果たす。 とくに、外傷や炎症の際に活発である。 また抗原提示細胞でもある。

！
掃除屋さんしてくれてるって意味だったんだ！
✨　
　　✨　　
　　　　　✨
今頃意味が分かった
　　　　　　✨
　　　✨
✨

M Φ SA 

ということは
弱いとこいっぱい見せれば助けてくれるの？✨
嬉しい
私もマクロファージになりたい

マクロファージには二種類ある。
HSCs
KCs ー　肝臓の常在性マクロファージ　

とはいえ、じゃあ肝臓にいるマクロファージは全部このKCなのかといえば答えはノーで、例えば非アルコール性脂肪肝炎 (nonalcoholic steatohepatitis; NASH)なんかの病気の時は特に、血中を循環していたHSC由来のマクロファージが集積したりします。特にKCが死んでしまった時とかは、このHSC由来のマクロファージがそれを補充するようにそこにやってきてKC様の遺伝子発現をするようになるとも言われています。これらは病気を進行させる嫌な仕事もするし、逆にその収束（おさまる）過程において必要な役割を果たすと言われています。

NASH＝病気

肝臓にいるタイプ：　
　KC 
　HSC
　 
KC死んじゃった時は家来の　HSCが頑張る。
HSCは病気を進行させる仕事もするし　収めるヘルプもする。
　

要するに (例えば) 肝臓は組織常在性とHSC由来のマクロファージが混在していることがわかっているわけですが、これら病態関連マクロファージの由来や異なる遺伝子発現の仕組みなどはわかっていなかった。という背景の元、シングルセルRNAシークエンス (single cell RNA-Seq; scRNA-Seq)やクロマチン解析などで調べてみたよ、というのがこの論文だと思います。

肝臓はHSCとKCのマクロファージがまぜまぜ。
背景：
１）これらのマクロファージがどこからきたか分かってなかった。
２）異なる遺伝子発現の仕組みなどは分かってなかった。

実験・論文：
scRNAーSeqやクロマチン解析で調べてみた

脂肪べったべたのNASH誘導食を食べさせたマウスと普通のマウスで肝臓の細胞をscRNA-Seqで比べるといくつかのクラスタの存在がわかりましたが、普通のマウスでは大部分がKC (healthy KC; KC-H)で、NASHマウスではNASH型のKC (NASH-KC; KC-N)と、KCの微小環境に置き換わったHSC由来の誘導性マクロファージ (KC niche-recruited macrophage; KN-RM)がおよそ40％ずつを占めていました。

病気のご飯食べたマウス　VS  普通のマウス
調べると　いくつかのクラスタがある
普通の君＝KCが沢山
病気の君＝４０％　KCーN
　　　　　４０％　KN-RM（HSC)
　　　　　２０％　

これらは全てKCに特異的な遺伝子を発現しており、いわゆる循環系のマクロファージに普段認められるCD11bの発現は低くなっています。つまり元からそこにいたKCでなくHSC由来だけど肝臓に後からやってきたKN-RMも、KCっぽい見た目になっているって感じです。

君は
元の昔の君でなく、HSCから来たけどKCっぽくなってる。
＝　最近の君は　進化系普通の君。

サイヤ人からスーパーサイヤ人。

ただもちろん違うクラスタとして確認されていることからも分かる通り、KC-NとKN-RMも違った遺伝子発現のパターンはあって、例えばTim4という膜タンパク質の発現はKC-Nに認められてKN-RMには認められません 。

Tim４＝なんか悪い病気を引き起こすやつらしい。
これはKC様には認められるけど
KN-RMには認められない。

君はいつもKCじゃなくて　たまにまぜまぜのやつになる。
なる。

上記のKCだった、あるいは「KCっぽくなった」クラスタに加え、肝臓に誘導されたけど「KCっぽくなってない」クラスタってのがいて、具体的には組織常在性マクロファージに特異的なF4/80の発現が低い細胞 (本文ではマーカーの発現に応じてLy6C-hi&lo-RMと区分されています)。

普通だった
あるいは普通ぽくなったクラスタに加え
普通ぽくなってないクラスタがいる　＝　組織常在性マクロファージに特異的なF4/80の発言が低い細胞。

F4／８０＝細胞表面糖タンパク質。
KCぽくなってない＝砂糖少ない

vs

Ly6C-hi&lo-RM ＝　F/40の逆だからKCっぽい

Cell cycle analysis on cells isolated from skin tissue revealed that wounding increased both the number and percentage of inflammatory Ly6C+F4/80lo/- Mo/MΦ in the S/G2/M phases, peaking on day 6 post-wounding.

ということは
Ly6CもF4も両方君っぽくないやつの種類

マーカー＝免疫細胞マーカーは、免疫細胞を同定・区別するために使用される、主に細胞表面の分子です。

F4/８０ー組織のマーカーとして役立ちます。F4/80の機能は、十分に解明されていませんが、マクロファージ接着事象、細胞遊走、マクロファージのGタンパク質共役シグナル伝達成分として関与していると推測されます。

クラスタを発見した後、これらとKCやKN-RMを肝臓で観察したところ、KCとKN-RMは近くにいたのに対し、Ly6C-hi&lo-RMはちょっと離れた場所にいる、とか、NASH誘導マウスではKC-Nの細胞死が起きてKN-RMに置き換わっている、とか、そんな位置情報にまつわるデータを紹介しています。

KC（普通の君）とKN-RM（病気の君）は前近くにいたのにいなくなったりとか。

その後も遺伝子発現のデータを見比べて、KC-HとKC-N/KN-RMとLy6C-hi&lo-RMの発現パターンが異なることを確認。ここらへんのデータの必要性はぶっちゃけよくわからないっていう。

なんかね、私がちゃんと怒ったらmvみたいに優しい君が出てくるんだと思ってたの笑
だから、怒った後にちゃんと出て来たのか知りたかったの　笑
勉強頑張ったらご褒美にチョコあげるよって言われて
頑張ったから　チョコ出て来たかな　チョコ出て来た？　チョコ？　って探してた感じ　笑　そしたら君が変な君のままかと思って　結論は最後一人で泣いてる女の子なんだと思ってハートブレイクしてた。
でもこの日記はチョコで
安心して
今ほんわかしてる✨

あとはATAC-SeqやH3K27Ac-ChIP-Seqでエンハンサー領域の転写因子の結合とかクロマチンの状態とかそういうのをひたすらに解析。さすがに日が沈んできて今日他に何もできていない(あと疲れた)ので結論だけ書くと、AP-1やEGRによる共役因子LXRのリプログラミングが起きてそれによりKC特異的遺伝子の発現が低下し細胞が死んでいく、また逆にATF3はLXRと共同でNASH依存的な遺伝子発現を誘導する、などなどエピジェネティクスや転写の変化についてつらつらと書かれています。

今日他に何もできてない　＝　これしかしてない。＝　ちゃんと　見ててくれた　＝　君もいっぱい時間使ってくれてる　
！
キュン

君は疲れた。
そっか疲れさせて　ごめんね。
ありがとう
ホッとした＾＾
昨日はツイートと日記読み始めてから夜安心して過ごせた　ご飯美味しかった　ありがとう＾＾
今日は安心して静かに過ごすね　控えめにしとこ。

AP-1やEGRによる共役因子LXRのリプログラミングが起きてそれによりKC特異的遺伝子の発現が低下し細胞が死んでいく。

AP-1はサイトカインや成長因子、ストレス、バクテリアやウイルスの感染など様々な刺激に応答して遺伝子発現を制御している

君の変化についてつらつらと書いている

頭パンクしてわかってないです脳が炎症起こしてますきっと。KC特異的遺伝子の消失というのはつまりKCだったものが「KCっぽくなくなった」ということで、でも逆にKCっぽくなったやつもいたりしてわけわかめです。

君は脳が炎症している。
。。。

ハグ　

ん　多分私だ。
私は炎症起こしてるらしい。
考えすぎということだな。

私は君が普通になったりならなかったり考えが細かすぎです。OK
教えてくれてありがとう！

ただ細かいデータとか結論を理解するというより、組織常在性および誘導型のマクロファージが微小環境に依存して遺伝子の発現様式が変わり、それぞれ似て非なる遺伝子発現パターンを有するみたいな感覚があればいいんじゃないかなって思います。

細かいデータとか結論を理解するというより、組織常在性（いつもいる）　および（and）誘導型　のマクロファージ（掃除屋さん）が　その状況によってどう出てくるかが変わり、それぞれ似て非なる（something similar）遺伝子発言パターンを有する（持っている）
と思っていれば良い。

細かすぎること気にするより、いつもいる君がその状況によって変わったりするって思っていれば良いよ。

分かった＾＾

しらね
ハグ

今日は午前中タバタトレーニングっていうのやろうかな　
Youtubeにいっぱい載ってるの
不思議なのが、英語で入れると女性も男性もいっぱいやってるのに日本語で入れると男の人ばかり出てくる。
痩せるためにやるようだけど、カーディオとしてチャレンジしてみよ
かなりタフそうだからできるのか気になる。

君のやってた格闘技ってプロレスとボクシングなの？
ボンバイエとあしたのジョー言ってたから