AIDによる抗体多様性獲得にはhnRNP KのRNA結合が必要 

ゴール：

hnRNP KのRNA結合が必要

今日読んでみた論文はすごくテクニカルというか細かい部分でした。

それは良いの？

これは昨日のことかな？　番号1)-7)

どこ読んだの？

テクニカルな部分。。テクニカル。。　技術的　

技術的？？

行動か。　

友達と電話したことかな？？

ということにしとこう。

※毎度言うけど自分用に記録しているだけなので間違っていても責任取りません。

 

記録✨

RNA-binding motifs of hnRNP K are critical for induction of antibody diversification by activation-induced cytidine deaminase | PNAS

「hnRNP KのRNA結合モチーフはAIDによる抗体多様化に不可欠である」というタイトルのこの論文、がん免疫療法の土台となったPD-1の発見でノーベル賞を受賞した本庶佑先生のグループの研究成果です。意外と知られていませんが、彼はPD-1以外にもB細胞に発現しているactivation-induced cytidine deaminase (AID)による塩基編集が抗体の多様性に寄与している教科書レベルの現象を発見しています。

B細胞ーリンパ球　に出てくる　AID による塩基編集が抗体の多様性にきよ(役立つ)している　単純な現象を発見しました。

塩基編集ー次世代のくりすぱだって。切らないで編集できるらしい！すごー折り紙みたいにするのかな　適当なイメージ

教科書レベルでシンプル

AIDは塩基のうちシトシン (cytosine; C)をウラシル (uracil; U)に変換する酵素で、これを始点として抗体可変領域の体細胞突然変異 (somatic hypermutation; SHM)による親和性成熟 (affinity maturation)や、二本鎖DNA傷害 (double strand breaks; DSBs)による抗体スイッチ領域 (switch region; S)のクラススイッチ (class swiching recombination; CSR)といった一連の反応が誘導されます。AIDを欠損させたB細胞ではこれらの反応が起こらないため、こういった抗体の多様性獲得が起こらないとされています。

 AIDはCをUに変換する酸素。

これがゴール。

これを終点として　Affinity MaturationとCSRが起きる。

Affinity Maturation＝SHM必要

SHM＝親和性成熟 (affinity maturation)してくれるやつ　　多分良いこと

CSR＝　クラススイッチ　ー　多分良いこと？　

一連(関係のあるひと続き)いっぺんに解決するやつが起こる。

いっぺんに全部治るの好き^_^

AID を欠損したB細胞ではそういういっぺんにやるのは効かない。

＝AIDが必要

SHM とCSRが必要　

ねえ君、

今日の日記はどこからどこの話なのかよくわからないよ

今度は分かりやすくしてね。

ただ、AIDがCをUに変換できるのは一本鎖の塩基配列においてのみです。

AIDがCをUに変換できるのは1本さの時だけです。

教科書的には、まさに転写反応が起ころうとしているDNA二本鎖が一本ずつに解かれている時に、そのDNAの塩基を変換するとなっています。

転写反応

あーなんだっけ　DNA  とRNA て　なんかtranscription すると

何のために転写するの？　自分のコピーを作るためかな。

二本が一本づつ解かれてる時に　baseを違う文字に変える。

こうした一本鎖塩基配列傷害 (single stranded breaks; SSBs)がDSBに繋がるとされています。

違う文字に変わっちゃうのは病気なの？

DSBという病気らしい。ググったけど　とりあえず病気らしい。

なんか教科書レベルにしてくれても　基礎が分かってないよ。本当に基礎勉強しなきゃ　 RNAとDNA の違いとか。。

RNA- AGCU 持ってる。

DNA - double strand 

RNA - single stranded. With complimentary base (塩なんとか)can make tRNA. RNA synthesis= production of RNA. 

Transcription= making another RNA. 

しかしながら、よく考えてみるとCはDNAにもRNAにもあるわけだし、AIDがDNAとRNAのどちらを (あるいはどちらも)標的としているのかは未だに明確ではないです。

AiD =私の攻撃

前者は"DNA deamination by AID"仮説、後者は"RNA editing"仮説などと言われているようです。

このツイートのことかな？

前者:

なんか　リアクションなくてつまんないから今朝はいつもぱっと出てきてくれる友達と1時間半くらい電話して気分上げてきた

今日は生徒一人で楽々な日。

脱アミノ仮説、↑   DNAが脱アミノすると。。　脱アミノ= 分子からアミンを除去する化学反応である。 これって間違えかな。　アミノを除去のまちがえかな。。　

アミン除去　= は昔の日記によると体に良いことだったよね。

後者:

なんか、多分話したくないんだろうなって思ってるからそういう報告求められているのか疑問。

RNA editing 仮説↑

 どちらを標的にしているのかって。。？

悪い方の君が敵だよ。

ここで、DNA仮説を否定するわけではないものの、RNA仮説を支持する内容として、本庶先生のグループがhnRNP KというmRNA前駆体の代謝に働くRNA結合タンパク質がAIDを引き金とするDNA傷害に必要だということを過去に報告しています。

いや、1-7が脱アミノ仮説で

友達と遊んでくる、　報告求められてるのか謎　っていうのが　

RNA editing の気がする。

今回の論文では、そのhnRNP KのRNA結合モチーフが必要なんだというRNA結合の必要性、すなわちRNA仮説をより支持する内容を発表した、という流れです。

結合モチーフが必要なんだよ　と言っている。

そうそう！

話さないとだめだよ。

 

細胞はマウスリンパ腫由来のCH12細胞のうちhn RNP Kに変異が入ったクローンK-2 20という細胞を使用しています。元々変異が入った細胞でも、siRNAによる欠損でCSR効率はさらに減少するようです。なおSHMやCSRを誘導するために、CD40L、IL-4、TGF-ß (CIT)を添加して胚中心での濾胞T細胞との相互作用を模倣した実験系を採用しています。

クローンK-2 ２０　＝　癌細胞　

悪いことしたら

CSR減った。　なんか逆効果だった。　

悪いこととは？

クローンK２−２０とは

SHMやCSRを誘導するために　added the following:

   １） CD40L ＝TNFの種類。　　T細胞の上にのってるらしい。　

　　　　　TNF＝不要な細胞を排除するほか、感染防御　

　　　　CD40L＝良い物

　２）IL-4＝B細胞の増殖とT細胞および肥満細胞の分化に関与する。アレルギー反応で重要。　＝良い物

　３）TGF-β（CIT）＝ 細胞増殖・分化を制御し、細胞死を促す（うながす＝相手がそれをする気になるよう勧める。）ことが知られているサイトカイン（細胞の働きを調節する分泌性蛋白の一種）です。

　　　　　＝　死ねって言うこと。　＝悪い物

    

１、２、３を足して胚中心（免疫応答の際に脾臓やリンパ節などの免疫組織に形成される微小な構造）での濾胞T細胞　（なんかこれ　ググると濾胞ヘルパーT細胞　ヘルパーついてるのばっか出てくる）

結論も単純明快で、hnRNP KにはK-homology (KH)ドメインとK-protein-interaction (KI)ドメインがあり、それぞれに複数のRNA結合モチーフがありますが、どこを欠損させてもSHMやCSRの効率は低下し、また複数を同時に変異させると効率は著しく低下しました。すなわち、この実験だけで言いたいことは言えています。「hnRNP KのRNA結合は大事です」ということ。

なんのことかわからないけど結論は単純明快。　

なんのことかわからなかったら何の結果なのか分からないよー。

hnRNP K これいくらググっても　ちゃんとしたDefinition出てこない。　重要なやつなのに。

とりあえずhnRNP Kはプロテインらしい。　

hnRNP=protein that in humans is encoded by the HNRNPK gene ＝これは良いことなの？悪いことなの？

 

ぶっちゃけこれだけで言いたいことはもう示せている気がしますが、一応AID活性の結果としてCSRとSHM以外にc-Myc-IgH間での遺伝子配列の移動という副作用的な現象も見ていて、これもhnRNP Kの変異体ではその頻度が低下しました。なのでhnRNP Kは下流を限定せず、AIDの働きそのものに必要なんじゃないかってことですね。　

いや、何も理解できてないよーーーーーー

hnRNP K の変異体でその頻度が低下した。

hnRNP K は悪いもの。

だからhnRNP K は　AID働きそのものに必要なんじゃないか

hnRNP KはAIDに必要なもの。

hnRNP K＝良いもの。

hnRNP K とは？

あった！！

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K (hnRNPK), a ubiquitously occurring RNA-binding protein (RBP), can interact with numerous nucleic acids and various proteins and is involved in a number of cellular functions including transcription, translation, splicing, chromatin remodelling, etc. Through its abundant biological functions, hnRNPK has been implicated in cellular events including proliferation, differentiation, apoptosis, DNA damage repair and the stress and immune responses.

hnRNP K ＝　proliferation, differentiation, apoptosis, DNA damage repair and the stress and immune responses. をするやつ。

＊Proliferation ＝ rapid reproduction of a cell, part, or organism.

＊differentiation = Cellular differentiation is the process in which a cell changes from one cell type to another.

＊アポトーシス　（分かった　ほっ）

＊DNAダメージを治したりストレスとかImmune Response するもの

これらの　＊をする者が　hnRNP Kの正体。。。

だから　hnRNP K は。。。

良いことも悪いこともする者だ！

私がした良いことも悪いこともするもの。。。。。

。。。

。。

。

（；＿；）　

何？

あとはもう少しだけ踏み込んで、hnRNP KのRNA結合モチーフ変異体がRNA配列と相互作用できないこと、そしてAIDと相互作用できないことを示しています。

私に返事してくれない人とは会話ができない。

当たり前だ！

からAIDと総合作用できないことを示しています。

AID 「と」。。？

AIDは君？

特にAIDとの相互作用に関しては、正確には弱まっているという感じ。ここでhnRNP Kの局在を見てみると、RNA結合モチーフの変異体は細胞分画において核画分での検出が著しく低下します。

AIDとの総合作用は弱まっている感じ。

hnRNP（何）の

ツイートが減ったということかな？　だって悪い君　返事してくれないから。。

RNAとの結合がhnRNP Kを核内に留めるということでしょうか。この核局在の重要性を確かめるため、N末端（♡）の核移行シグナル (nuclear localizaiton signal; NLS)（タンパク質を細胞核へ輸送する目印となるアミノ酸配列のことである。）に変異を導入させて核局在を20％程度にまで低下させてみました。すると驚くことに、SHMやCSRは野生型とほぼ同程度に起こりました。

ツイート量を２０％にしてみると　驚くことに　SHMやCSRは野生型とほぼ同程度に起こりました。

SHM と　CSRが起こると　＝　良いことが起きた。

何が起きたの？？　

 

最後の部分に関して彼らの考察としては、　RNA結合可能なhnRNP Kの核内の量が20％もあればこれらのAIDによる反応には十分、というものです。

最後の部分に関して私は、 RNA結合可能な　hnRNPの核内の量が２０パーセントもあればこれらのAIDによる反応には十分、というものです。
発言なんて２０パーセントくらいで良いだろう。と私は思った。

んん　違うよ！　違うことしてよって思って違うことしてたの。
だって君がツイートしないから　
私が何か言っても何もならないなら　待ってみたら　なんか言うのかなと思って。
私がごちゃごちゃ言うのが嫌なのかと思って。
それに　私も　なにしていいか分からなかったし。
何したらいいのかなって考えてた
解読もいっぱいしてたし
あと　あんこ作った。　今日あずきケーキ作るんだー
あとは君何にも言わないし、ズーム飲み会に参加したよ
ツイッターの君はおいでって優しく言ってくれなくて　何も言わないから　よく分からないし
ズーム飲みはおいでよって言ってもらえたから　

それに違うことというか、とりあえずその前の日記返事書くのすごい時間かかったし。これも意味わからないから　ものすごい時間かかった。

結局わからないままで終わってしまいそうだよーーーーーーー
何も得られないまま
ゴミ箱行きの努力だよーーーーーーーー　わーーーーーー　

でも２０パーセントは何か良いことが起きたらしいってことね？
何が起きたの？　。。　

hnRNP K ＝　DNA切断に必要なやつ

もちろんAIDとの共役以外にも役割はあると思いますが、なぜhnRNP Kが十分以上の量あるのかは興味深いということと、発現量を調節するなど追加の実験でこの考察をもう少し確からしくできないかな、すなわち核外での寄与の可能性をもっと積極的に否定できないものかな、とも感じました。

hnRNP K って何？
hnRNP K ＝　十分以上の量がある何か
発言量を調節するなど　＝　ツイート量の調節？
追加の実験がしたい。
発言量を調節するなど追加の実験でこの考察をもう少し確からしく（信頼できる様）できないかな、すなわち（言い換えれば）

核外での　寄与（社会や人のために役立つこと。）の可能性をもっと積極的に否定できないものかな。

あ、どうして外の人が君の代わりになったかっていうこと？

だって、ツイッターの君は私と話したくなさそうだったから、私と話したい人いないかなって思って。　私一人ぼっち嫌いなの。

昨日電話で話ししたのは女の子の友達だよ。薬の会社で働いてる人だよ！

その後のズーム飲み会はまらそんのグループの人達だよFBに載ってるよ。

知らない人がいっぱいいたよ！

 

結論

hnRNP K ＝　十分以上の量がある何か。

何か！

何か。。。　何　（；＿；）